Het genootschap is in 1785 opgericht als "het Haagsche Genootschap tot verdediging van de christelijke godsdienst tegen deszelfs bestrijders". In de 19de eeuw heeft het bestuur van het genootschap gekozen voor de wetenschappelijke bestrijding van vooroordelen. Het bestuur is zich gaan richten op een niet-dogmatisch, bijbels christendom. Daarmee kreeg het Haagsche Genootschap een vrijzinnig-protestantse kleur. De frase "tegen deszelfs hedendaagse bestrijders" is toen uit de naam geschrapt. Het genootschap schreef prijsvragen uit.

In het begin van de 20ste eeuw werd een kweekschool en een leerschool opgericht; een en ander leidde later tot een basisschool, een mulo/mavo en een pedagogische academie. Vanaf 1923 heeft het genootschap het recht om drie bijzondere leerstoelen te vestigen aan de Rijksuniversiteit Utrecht. Tot de hoogleraren vanwege het genootschap hebben behoord G.A. van den Bergh van Eysinga (wordingsgeschiedenis van het Christendom; zie over hem o.a. de site www.radikalkritik.de ), H.T. de Graaf (leer der godsdienstige gemeenschap), M.C. van Mourik Broekman (idem), en Th. Marius van Leeuwen (wijsgerige theologie).

In 1998 veranderde de naam in "Het Haagsche Genootschap". Eind 1999 werd de bestuurlijke verantwoordelijkheid voor scholen beëindigd. Thans zijn de leerstoelen de hoofdtaak en het faciliteren van daaraan gekoppeld wetenschappelijk onderzoek.

Over de geschiedenis is in 1985 bij het Boekencentrum verschenen Op de bres: 200 jaar Haagsch Genootschap tot verdediging van de christelijke godsdienst (1785-1985).